Mystery Inc.’in kapatılmasının üzerinden iki yıl geçmiştir. Scooby Doo, dedektif arkadaşları ile birlikte Spooky Adası’na gönderilir. Görevleri Spring Break bölgesindeki sıra dışı olayları incelemektir. Spooky Adası'nın sahibi Emile Mondavarious da buranın gerçekten perili olduğundan korktuğu için dedektifleri bir araya getirmek ve onlara yardımcı olmak istemektedir. Scooby ve arkadaşları kendi kişisel farklılıklarını bir yana bırakıp birlikte hareket etmek ve olayı çözmek zorundadırlar.